若孕妈妈在孕期时感染特定的疾病，如水痘、德国麻疹，或是原虫疾病弓浆虫病等，胎儿有可能会被传染，甚至出现先天器官发育异常的现象。
疾病一：水痘
孕妇若感染水痘有可能造成胎儿出现先天性的缺陷，但根据最新医学报告表示，在10％感染水痘的胎儿中，只有不到1％的胎儿会出现先天性水痘症候群，包括四肢畸形、视网膜炎、先天性心脏病等系统异常。怀孕初期若不幸感染水痘，建议孕妈妈向医生咨询，先别急着拿掉胎儿。水痘造成先天性畸形的机率很低，必要时，在怀孕二十周左右抽取胎儿脐带血检验，并配合高层次超音波检查，再决定胎儿去留。若孕妇在分娩前四天内感染水痘，则应将生产时间延后一至二周；并于新生儿出生后再注射水痘免疫球蛋白治疗。
疾病二：德国麻疹
有些孕妈妈担心怀孕时感染德国麻疹，宝宝也可能感染先天性德国麻疹症候群，导致心脏畸形、失聪、眼睛缺陷、智力迟缓等等。是否会引起感染与妈妈的发疹时间有关，若在怀孕的12天之后到12周以前感染，胎儿异常的机会就颇高了。
疾病三：弓浆虫病
有报告显示有30％～80％的养猫人家曾被弓浆虫感染，弓浆虫经常从猫的粪便排出，所以人们接触到污染的猫沙或是物品时，则容易被感染。孕妇在怀孕初期或中期感染弓浆虫病，约有10％的胎儿会发生严重的先天性弓浆虫病，症状有水脑症、脑内钙化、淋巴节肿大、肝脾肿大等。所以喜欢养猫的孕妇，最好抽血检验是否有弓浆虫抗体，并彻底打扫居住环境，降低感染机率。
孕期用药最好都要咨询妇产科医生，医生会针对每个孕妇的状况，给予不同的用药建议，孕期用药对胎儿的影响非比平常，误用药物或是在必须状况下完全不用药物，都可能对胎儿及母体造成重大的伤害。